מאגר רקמות אנושיות וניתוח רקמות

המשאב המשותף של מאגר הרקמות האנושיות וניתוח הרקמות (HTR-TA) נתמך ומנוהל במשותף על ידי המרכז המקיף לסרטן של UNM והמחלקה לפתולוגיה. המשאב המשותף של HTR-TA הוא מאושר על ידי המכללה לפתולוגים אמריקאים (CAP).

המשאב המשותף של HTR-TA הוקם כדי להקל על המחקר התרגומי של הסגל במרכז הסרטן של UNM, במחלקה לפתולוגיה, בבית הספר לרפואה ובמכונים שונים. אתר אינטרנט זה מתאר את השירותים המוצעים ופרטי הקשר של חברי צוות המשאבים המשותפים של HTR-TA שיכולים לייעץ בנוגע לזמינות דגימות ובכל היבטי ההיסטולוגיה והפתולוגיה המולקולרית.

מטרה

המשאב המשותף של מאגר הרקמות האנושיות וניתוח הרקמות (HTR-TA) תומך במחקר סרטן בסיסי ותרגומי על ידי אספקת רקמות גידול ורקמות תקינות תואמות למשתמשים, הן כדגימות קפואות והן כדגימות מקובעות בפורמלין ומשובצות בפרפין (FFPE).

אודות משאב משותף של HTR-TA

משאב משותף של HTR-TA:

  • מועיל לחולים עתידיים בכך שהוא מאפשר לחוקרים גישה לרקמות שמורות ומתוחזקות שאולי לא היו זמינות אחרת
  • תועלת ל- UNM HSC על ידי חיזוק המשימה של מתן טיפול איכותי בחולים באמצעות טיפוח מחקר חדשני ובעל ערך קליני
  • תפקוד תיווך אמין של המשאב המשותף של HTR-TA במתן דגימות לא מזוהות, ללא 18 מזהי HIPAA, מגן על חוקרים מפני סיבוכים/הפרות פוטנציאליות של HIPAA.

המשאב המשותף של HTR-TA מספק מספר רכיבים חיוניים שירותי היסטולוגיה, ובכלל זה:

  • עיבוד רקמות והטמעת פרפין,
  • חיתוך,
  • צביעת H&E,
  • iהדמיה אימונוהיסטוכימית ודיגיטלית, ו
  • ניתוח של חתכים צבועים בנוסף לבנק ושחרור דגימות רקמה.

רקמות נאספות לאחר קבלת הסכמה מתאימה. הן נשמרות במסד נתונים המכיל גם מידע מקושר על המטופל (למשל, שם, תאריך לידה וקטגוריות דמוגרפיות שזוהו על ידי המטופל), מקור הרקמה ואבחון שלה, ומשתנים אחרים, כולל שיטת איסוף הרקמה, זמני איסכמיה וכיצד הרקמה עובדה לאחר קבלתה על ידי ה-HTR-TA.

נכון לעכשיו, ה-HTR-TA מכיל יותר מ-60,000 דגימות ביולוגיות, מתוכן יותר מ-20,000 דגימות קפואות ויותר מ-17,000 דגימות ביולוגיות FFPE ויותר מ-7,000 דגימות דם (דם מלא, סרום, פלזמה, ותאים קפואים וגם משומרים בקרינה).

אוסף הרקמות של HTR-TA משקף את האוכלוסיות באזור הניקוז של UNMCCC.

סיכום שירותי משאבים משותפים של HTR-TA עבור בקשות למענקים

למאגר וניתוח רקמות אנושיות (HTR-TA) המשותף יש את היכולת לבצע מספר טכניקות ומציע מגוון שירותים בתשלום עבור שירות.

המשאב המשותף של HTR-TA אוסף רקמות תקינות וגידוליות תואמות, בעיקר משאריות ניתוח שנזרקו, ומאחסן אותן קפואות או כבלוקי פרפין משובצים בפורמלין (FFPE). חוקרים יכולים לבקש את הרקמות, עם אישורים הנדרשים ממשרד הגנת המחקר בבני אדם (IRB) ומוועדת הסקירה המדעית (SRC).

המשאב המשותף של HTR-TA יכול גם לספק מספר שירותים היסטולוגיים ומולקולריים שונים, כגון חיתוך וצביעת H&E, אימונוהיסטוכימיה ואימונופלואורסצנציה באמצעות פלטפורמת Ventana Discovery Ultra, יצירת מערכי רקמות (TMA) מותאמים אישית, דיגיטציה של שקופיות (brightfield) באמצעות Aperio AT2, וניתוח תמונה באמצעות פלטפורמת HALO™ (ממעבדות Indica, המטה באלבקרקי, ניו מקסיקו).

ניתן להשיג סוגים שונים של עיבוד דם, כולל ביצוע ספירת תאים וכדאיות באמצעות Nexelom Cellometer 1000.

חלק מהחוקרים דורשים דגימות שהוכנו במיוחד או שיש להם דרישות ספציפיות לדגימות. עבור מחקרים מאושרים אלה, אנשי המשאבים המשותפים של HTR-TA יאספו את הדגימות באופן פרוספקטיבי ותהליך זה יותאם לצורכי החוקרים. יש לתאם פגישת היתכנות עם המנהל הטכני כדי לדון בשירותים הרצויים.

כדי לאשר שימוש במשאב משותף זה, אנא כלול את הפרטים הבאים:

מחקר זה מומן חלקית על ידי מענק תמיכה של מרכז הסרטן המקיף של UNM NCI P30CA118100 ועשתה שימוש במאגר הרקמות האנושיות וניתוח הרקמות המשותף, המקבל תמיכה נוספת ממחלקת הפתולוגיה של בית הספר לרפואה של אוניברסיטת ניו מקסיקו.

צור קשר עם משאב משותף של HTR-TA

טלפון: (505) 272-1127
דוא"ל: tissuebank@salud.unm.edu
חדרי פיץ הול 306B ו- 306C
בית הספר לרפואה של UNM HSC
המחלקה לפתולוגיה
MSC 08-4640
915 Camino de Salud, NE
אלבוקרקי, NM 87131

תקני מאגרים והסמכה

במשאב המשותף של UNM HTR-TA, אנו מחויבים לשמור על הסטנדרטים הגבוהים ביותר בניהול דגימות ביולוגיות, אבטחת איכות ופיקוח אתי. פעילותנו פועלת לפי הנחיות מחמירות ושיטות עבודה מומלצות שנקבעו על ידי ארגונים לאומיים ובינלאומיים מובילים:

  • המכון הלאומי לסרטן (NCI) – מאגרים ביולוגיים וחקר דגימות ביולוגיות (BBRB)
    אנו פועלים לפי תקנות BBRB שיטות עבודה מומלצות למשאבי דגימות ביולוגיות, המספקות הנחיות מקיפות בנוגע לאיסוף, עיבוד, אחסון והפצה של דגימות ביולוגיות על מנת להבטיח עקביות ויושרה מדעית.
    https://biospecimens.cancer.gov/default.asp
  • החברה הבינלאומית למאגרים ביולוגיים וסביבתיים (ISBER)
    HTR מתיישר עם ISBER שיטות עבודה מומלצות עבור מאגרים, מסגרת בינלאומית מוכרת לניהול וממשל של מאגרים ביולוגיים התומכים במחקר במדעי הביולוגיה והסביבה.
    https://www.isber.org/page/BPR
  • תוכנית הסמכת מאגרים ביולוגיים (CAP) - המכללה לפתולוגים אמריקאים
    HTR גאה להיות מוסמכת על ידי CAP באמצעות תוכנית ההסמכה למאגרים ביולוגיים שלה, אשר מאמתת את עמידתנו בתקנים מובילים בתעשייה באיכות דגימות ביולוגיות, עקיבות ומצוינות תפעולית.
    https://www.cap.org/laboratory-improvement/accreditation/biorepository-accreditation-program

סטנדרטים אלה מבטיחים כי הדגימות הביולוגיות והשירותים שלנו תומכים במחקר איכותי וניתן לשחזור ותורמים באופן משמעותי להתקדמות במדעי הסרטן ובטיפול בחולים.

משאב משותף של HTR-TA

joste-nancy-cc.jpgננסי יוסט, MD

פרופסור ויו"ר, המחלקה לפתולוגיה

מנהל רפואי

מפקח על היבטי בקרת האיכות של המשאב

קתלין מרטינז, פ.ד.הרשות הפלסטינית קתלין מרטינז

מנהל טכני

מפקח על ההיבטים הטכניים של המשאב

פרד שולץ, תואר שניפרד שולץ, תואר שני

ניהול אינפורמטיקה

שירותי היסטולוגיה ופתולוגיה מולקולרית

עיבוד רקמות והטבעת פרפין וחיתוך פרפין, כמו גם הקפאה מהירה של רקמות וחיתוך קפוא. צביעת H&E על פרפין וחתכים קפואים.

המעבדה יכולה להכתים קטעי רקמות עם נוגדנים סטנדרטיים באמצעות פרוטוקולים שכבר קיימים. לחלופין, המעבדה יכולה לחשב נוגדנים באמצעות פלטפורמת VENTANA DISCOVERY המאפשרת שילובי צביעה מרובים כדי לייעל את תוצאות הצביעה.

תמונת HER-2 ו- ER
מכתים כפול עבור HER-2 ו- ER
מערכי רקמות HTR - e-cadherin

תכנון ובנייה של מערך מיקרו רקמות: זה כרוך באיסוף גושי פרפין תורם, בחירת אזורי העניין לליבה והצבת הליבות בבלוק פרפין מקבל ריק. היתרונות הם במהירות ובעלות, שכן ניתן להעריך מספר דגימות בשקופית אחת. ה- TMA האופייני מכיל כ -50 עד 200 ליבות בקוטר 0.6 מ"מ -2.0 מ"מ. ניתן להשיג כ- 50 מקטעים מגוש TMA אחד.

 

(מימין: E-cadherin)

אנשי המשאבים המשותפים של HTR-TA יכולים לאחזר בלוקי רקמות ארכיוניים מבית החולים UNM.

זה בדרך כלל כולל איסוף של רקמות עודפות או שרידיות שנותרו בזמן כריתה כירורגית לאחר שנלקחו דגימות אבחנתיות לבדיקה מיקרוסקופית על ידי פתולוג כירורגי ודגימה מספקת נשמרת בפרפין לבדיקות עתידיות פוטנציאליות לטיפול בחולים. צוות המשאבים המשותף של HTR-TA יאסוף את הרקמות בחדר הניתוח הגרוס של הפתולוגיה הכירורגית של UNM HSC. נכון לעכשיו, המשאב המשותף של HTR-TA אינו מבצע דקירות ורידיות אך יאחסן דגימות כאלה לפי בקשת החוקרים.

 יועצי פרויקט משאבים משותפים של HTR-TA יכולים לאסוף נתונים פתולוגיים וקליניים ללא מזהי HIPAA בזמן שהם מקודדים לדגימות תואמות.

ניתוח תמונות

תמונות של H&E או קטעי רקמה מוכתמים באופן אימונוהיסטוכימי נלכדות בסורק הדיגיטלי Leica AT2 ומועלות לתוכנת ההדמיה והביאור HALO.

תוכנת HALO מאפשרת להוסיף הערות לרקמה (גידול, סטרומה, שריר, שומן וכו ') ואז לספור תאים החיוביים לחלבון לפי בחירה (איור, מימין) בכל אחד מהאזורים המבוארים. זה גם יאפשר לך לנתח ולכמת את האינטראקציות הקרובות בין השכנים.

התוכנה כוללת כלי לייצור דמויות שיכול ליצור תמונות מרובות פאנלים של תמונות בפורמטים הניתנים לפרסום כולל מסגרות הפניה וסרגל קנה מידה

תמונת תוצאות כמותית

איור זה מראה כימות של מכתים עבור Ki67 בסרטן השד. החלונית השמאלית העליונה מציגה את דגימת המיקרו מערך הרקמה, החלונית האמצעית מציגה מכתים Ki67 (חום) ללא הסימון HALO והלוח הימני מציג את אותה תמונה עם הסימון HALO.

הסימון מראה מכתים ברמה נמוכה (צהוב), מכתים בינוני (חום) ורמות גבוהות (אדומות) של Ki67 בגרעין תאי הגידול. מכתים כחולים הם תאים שליליים עבור Ki67. התוכנה יכולה לספור באופן עצמאי מכתים של Ki67 בסטומה של הגידול.

הטבלה מציגה קריאה של מספר ואחוז התאים בכל קטגוריית צביעה וההיסטוגרמה מראה את התפלגות הצביעה.

כיצד להגיש בקשה לדגימות

צרו קשר קתי מרטינז לקבוע.

פתח את חשבונך ב- iLab:

  1. נווט אל דף הכניסה ל- iLabs.
  2. בפינה השמאלית העליונה של המסך, בחר הירשמו
  3. מלאו את הטופס בדף ההרשמה. במקרה של בעיות בהגדרת חשבון iLab או גישה, צרו קשר פאלאקשי רדי בנדפאלי או 505-272-4539.
  4. קבל דוא"ל קבלת פנים מ- iLab עם אישורי כניסה והוראות

בקשת שירותים ב- iLab:

  1. עבור אל כניסה ל- iLabs .
  2. בפינה השמאלית העליונה של דף זה, הזן את שם המשתמש והסיסמה שלך.
  3. בכרטיסייה "שירותי בקשה", לחץ על "התחל בקשה".
  4. מלאו את הטופס וציינו את פרטי התשלום עבור בקשתכם לפני שליחת הבקשה למשאב המשותף של HTR-TA.
    1. ודא שכותרת הפרויקט ומספרי SRC/HRRC/IACUC תואמים לאלה המופיעים במכתבי האישור שלך.
    2. תחת כל קטגוריית שירותים, הזן את המספר הרצוי ולחץ על הכרטיסייה "הוסף שירותים נבחרים". שירותים יתווספו בתחתית הטופס.
    3. השתמש בתיבה "מידע נוסף" כדי להוסיף פרטים חשובים, וצרף / העלה את כל המסמכים הרלוונטיים, כגון רשימת דגימות או תיאור כיוון.
  5. הבקשות ימתינו לבדיקה על ידי המשאב המשותף של HTR-TA, אשר יבצע את השינויים הנדרשים וישלח אותן בחזרה לאישורך. תקבל דוא"ל מ-iLab בנוגע לבקשת הפרויקט המעודכנת שלך.
כדי להשתמש בדגימות שנשמרו בעבר בבנק:
  1. הגש את הצעתך לוועדת הביקורת המדעית (SRC). צור קשר עם ארנסטין ארמיחו להדרכה בתהליך זה.
  2. מלאו את טופס בקשת SRC ‏(HRP-224), עם כל החתימות הנדרשות, והגישו אותו ל-SRC.
  3. לאחר ש-SRC יאשר את הצעתך, הגש את מכתב האישור עם בקשתך ל-UNM ועדת סקירה מוסדית של הוועדה למחקר אנושי (HRRC).

כדי לנווט בתהליך יישום ה- IRB:

  1. בקישור שלמעלה, לחצו על כפתור "irb.health.unm.edu" בתחתית העמוד.
  2. לחץ על הכרטיסייה IRB בחלק העליון של המסך
  3. לחץ על כפתור "צור מחקר חדש" משמאל
  4. למלא את הטופס
  5. בשאלה מספר 7, לחצו על הקישור "ספריית IRB" ובחרו את הפרוטוקול המתאים למחקר שלכם.
    1. אם המחקר שלכם דורש רק חומרים לא מזוהים, בחרו בפרוטוקול הפטור מקטגוריה 4 (HRP-582). *הערה: ייתכן שרקמות שהושלכו ללא זיהוי לא ידרשו הסכמה.
    2. אם המחקר שלך אינו דורש קבלת מידע על אנשים חיים, בחר מחקר לא אנושי (HRP-585)
    3. אתה רשאי להגיש להגשה מהירה אם המחקר שלך כולל רק דגימות שנאספו אך ורק למטרות שאינן מחקריות (כגון טיפול רפואי ואבחון).
  6. אם אתם זקוקים לעזרה בניווט תהליך הגשת הבקשה ל-IRB או לעזרה בזיהוי הפרוטוקול המתאים ביותר לצורכי הפרויקט שלכם, אנא צרו קשר עם ארנסטין ארמיחו לקבלת סיוע.

לאחר אישור HRRC, יש להגיש בקשת רקמה למשאב המשותף HTR-TA דרך iLab. תידרשו להעלות את מכתבי האישור של SRC ו-IRB, ותצטרכו להגיש בקשת רכש (PR) פעילה.

ניווט ב-iLab:

  1. נווט אל דף הכניסה ל- iLabs.
  2. בפינה השמאלית העליונה של המסך, בחר הירשמו
  3. מלאו את הטופס בדף ההרשמה. במקרה של בעיות בהגדרת חשבון iLab או גישה, צרו קשר פאלאקשי רדי בנדפאלי או 505-272-4539.
  4. קבל דוא"ל קבלת פנים מ- iLab עם אישורי כניסה והוראות

בקשת שירותים ב-iLab:

  1. עבור אל כניסה ל- iLabs .
  2. בפינה הימנית העליונה של הדף, לחצו על "כניסה" והזינו שם משתמש וסיסמה.
  3. תחת הכרטיסייה "בקשות שירות", לחצו על "הגש בקשה" לצד בקשת שירות של מאגר רקמות אנושיות וניתוח רקמות.
  4. מלאו את הטופס, כולל העלאת מכתבי אישור מתאימים של SRC/IRB/IACUC ובחרו מספר PR מהתפריט הנפתח. לחצו על שלח בקשה.
  5. סטטוס הבקשה יהיה ממתין לבדיקה על ידי ה-HTR. שינויים נדרשים יבוצעו ויישלחו בחזרה לאישור.
  6. אימיילים מ-iLab יעבירו את סטטוס הפרויקט.
  1. צרו קשר עם המשאב המשותף של HTR-TA לפגישת תכנון/בדיקת היתכנות.
  2. הגש את הצעתך לוועדת הביקורת המדעית (SRC). צור קשר עם ארנסטין ארמיחו להדרכה בתהליך זה.
  3. לאחר שה-SRC אישר את הצעתך, שלח את מכתב האישור עם בקשתך לוועדת הביקורת המוסדית של UNM (HRRC) (ראה הוראות לעיל).
  4. צרו קשר עם המשאב המשותף של HTR-TA לפגישת תכנון נוספת (בדרך כלל נדרשת להבהרת פרטי התהליך). פגישה זו כוללת קבלת אישור מראש אגף הפתולוגיה הכירורגית על מנת להבטיח את זמינות הדגימות תוך שמירה על עמידה בתקנות המעבדה הלאומיות וטיפול מיטבי בחולים.
  5. אם נותרה לך רקמה לאחר סיום הבדיקה, עליך להחזירה למשאב המשותף של HTR-TA.
  1. עליכם לקבל אישור מהוועדה המקומית לבדיקת מחקר אנושי אם חלק כלשהו ברקמה שנאספה עשוי לשמש למחקר.
  2. ראש המחלקה לפתולוגיה כירורגית או ממונה עליהם לאשר את שיטת איסוף הדגימה בכדי להבטיח שמירה על רקמות ייצוגיות מספקות לטיפול קליני.

מלאי

אתר הרקמות שנאסף

(כולל רקמות ארכיוניות מ- UNM ואוסף פוטנציאלי לחוקרים למחקרים ספציפיים.)

  • שלפוחית ​​השתן, דם, עצם, מוח עצם, מוח, שד
  • קיר חזה, המעי הגס
  • סרעפת
  • כיס המרה
  • ראש וצוואר
  • כליות
  • כבד, ריאה, בלוטת לימפה
  • מדיאסטינום
  • Omentum, השחלה
  • לבלב, פין, צפק, ערמונית
  • רוק, בלוטת רוק, עור, מעי דק, רקמות רכות, טחול, בטן
  • אשך, תימוס, בלוטת התריס
  • רחם וצוואר הרחם
  • נרתיק / וולבה

צרו קשר לקבלת תמחור עדכני ורשימה מעודכנת של נוגדנים מותאמים.

רישום מורחב של סרטן השד (EBCR)

זהו אוסף רקמות מורכב המורכב ממעל ל -400 חולים שהוסכמו עם נקודות זמן מרובות וסוגי רקמה שנאספו. על כל מטופל נאספו הדברים הבאים:

  • 5 חלקי סרום מקסימליים / משתתפים / אוספים (כמו זמן בסיס או זמן FUP)
  • 10 חלקי פלזמה מקסימום / משתתף / אוסף
  • 10 נתחי DNA מדם מלא / משתתף / אוסף
  • 2 חלקי DNA מרביים ממי פה או ספוגית / משתתף / איסוף
  • רקמת שד (שאיבת מחט דקה, בקבוקונים ותבניות OCT) - כל המקרים שונים.

אנא צרו קשר עם המשאב המשותף של HTR-TA לקבלת שאילתה מפורטת יותר של מערך הנתונים הזה.