ביואינפורמטיקה ומדעי הנתונים
המשאבים המשותפים לביואינפורמטיקה ומדעי הנתונים (BDS) של UNMCCC תומכים במחקר סרטן בסיסי, טרנסלציוני וקליני על ידי מתן חבילה מקיפה של שירותים חישוביים ואנליטיים.
שירותים אלו כוללים
- תכנון ופיתוח מחקר,
- ניתוח נתוני ריצוף הדור הבא (NGS),
- טרנסקריפטומיקה של תאים בודדים ומרחביים,
- כימאינפורמטיקה,
- אינפורמטיקה של סרטן, ו
- מתודולוגיות סטטיסטיות ומדעי נתונים מתקדמות.
חברי ה-BDS עובדים בשיתוף פעולה הדוק עם גנומיקה אנליטית ותרגומית ו ביוסטטיסטיקה משאבים משותפים לשיפור רכישת ידע מ-NGS ומנתונים גנומיים וטרנסקריפטומיים אחרים.
המשאב המשותף של ה-BDS
- מספק תשתית קריטית לאחסון נתונים, מחשוב בעל ביצועים גבוהים ופתרונות מבוססי ענן - כולל שילוב AWS דרך תוכנית NIH STRIDES - ו
- מנהלת את CRIIS, פלטפורמה ייחודית למידע על סרטן המשלבת נתונים קליניים, גנומיים, רישום גידולים וסוציו-דמוגרפיים, שפותחה בשיתוף פעולה עם חברת ניתוח נתונים מקומית בתמיכת UNMCCC ומדינת ניו מקסיקו.
משאבים משותפים ביואינפורמטיקה
קתרין (צ'רלי) ברייר, דוקטורט
ביואינפורמטיקאי, ניתוח נתונים
Olufunmilola (Funmi) Oyebamiji, MS
ביואינפורמטיקאי, ניתוח נתונים
ד"ר איניגו סן גיל
מומחה שירותי IT
Xiangjun Xiao, MS
מדען נתונים בכיר
כדי לאשר שימוש במשאב משותף זה, אנא כלול את הפרטים הבאים:
מחקר זה נתמך בחלקו על ידי מענק התמיכה של מרכז הסרטן המקיף של UNM, NCI P30CA118100, והמשאב המשותף לביואינפורמטיקה וניתוח נתונים ממדים גבוהים.
מטרות ספציפיות לביואינפורמטיקה ומדעי הנתונים
מטרה 1: לספק תמיכה בתחום האינפורמטיקה, האנליטיקה וניהול הידע באמצעות שירותים, טכנולוגיות, ציוד ומומחיות חסכוניים לתמיכה בשלוש תוכניות המחקר של UNMCCC.
העדיפות של ה-BDS היא לספק לחברי UNMCCC גישה למומחיות בניתוח נתונים מורכב ובעל מימדים גבוהים ולתמוך בתוכנה, בצרכים החישוביים ובידע האינטגרטיבי הנחוצים להשגת יעדי המחקר של שלוש תוכניות המחקר של UNMCCC. עם ההתקדמות בגנומיקה, ובפרט בגנומיקה מרחבית, ה-BDS צופה צורך מוגבר בניתוח נתוני אומיקס מורכבים.
באמצעות מודל שיתופי, בתיאום עם ATG ומשאבים משותפים לביוסטטיסטיקה, ה-BDS מספק אמצעי חסכוני לחוקרים לתכנן מחקרים ולאחר מכן לנתח נתונים מורכבים ומיוחדים, ומספק לחוקרים גישה למידע על שיטות ויכולות ניתוח נתונים מיוחדות. בנוסף, ה-BDS ינהל את הגישה ויכשיר את חברי UNMCCC בשימוש ב-CRIIS, ויספק ייעוץ בנוגע לניתוח ופרשנות נתונים.
מטרה 2: פיתוח כלים וצנרת ביואינפורמטיקה מותאמים אישית לצורכי המחקר של UNMCCC.
ה-BDS ימשיך לפתח כלים התואמים באופן הדוק את צרכי חברי מרכז הסרטן, ובמיוחד בתחום הביולוגיה המרחבית. בנוסף, ה-BDS ימלא תפקיד קריטי בשיפור התועלת של CRIIS, על ידי פיתוח פלטפורמה מאובטחת לניתוח, אחסון והפצה של נתונים עבור מידע בריאותי מזהה של מטופלים ונתונים גנומיים שנוצרו על ידי UNMCCC.
מטרה 3: לספק חינוך ולקדם מודעות לגבי טכנולוגיות ושירותים בתחום הביואינפורמטיקה.
מנהלי BDS תורמים לניוזלטר רבעוני המדגיש ומסביר את השירותים והטכנולוגיות של BDS, ומסייעים למשתמשים בהכנת הצעות תחרותיות למענקים הכרוכות בניתוח נתונים מורכב או רב-ממדי. המנהלים משתתפים בפגישות של תוכנית המחקר ובפגישות אחרות של UNMCCC כדי לספק מומחיות, ייעוץ ומידע על הטכנולוגיות והשירותים הזמינים ב-BDS, כמו גם עדכונים על גישות ומתודולוגיות חדשות לביואינפורמטיקה. המנהל אדוארדס מעורב רבות בתוכנית לתארים מתקדמים בביואינפורמטיקה המוצעת על ידי בית הספר להנדסה של UNM וגם מרצה על ביואינפורמטיקה במסגרת קורס ליבה לסטודנטים לתארים מתקדמים.
סגל ופקולטה
ג'רמי אדוארדס, דוקטורט
מנהל שותף של המשאב המשותף לביואינפורמטיקה ומדעי הנתונים
פרופסור לכימיה וביולוגיה כימית
פרופסור להנדסה כימית וביולוגית
פרופסור לגנטיקה מולקולרית ומיקרוביולוגיה
חינוך והכשרה
הכשרה פוסט-דוקטורט בגנטיקה, בית הספר לרפואה בהרווארד
תואר דוקטור להנדסה ביולוגית, אוניברסיטת קליפורניה בסן דייגו
MS Bioengineering, אוניברסיטת קליפורניה בסן דייגו
BS הנדסת מכונות, אוניברסיטת טקסס ארלינגטון
תחומי מחקר
ביואינפורמטיקה, טכנולוגיות גנום, טכנולוגיית רצף מהדור הבא, ביולוגיה של מערכות, ויסות מרחבי של מסלולי איתות.
כריסטופר עמוס, דוקטורט
ראש יוזמות מדעי הנתונים של HSC
מנהל שותף למדעי האוכלוסייה והנתונים של UNMCCC
מנהל שותף של המשאב המשותף לביואינפורמטיקה ומדעי הנתונים
פרופסור, המחלקה לרפואה פנימית של UNM, החטיבה לאפידמיולוגיה, ביוסטטיסטיקה ורפואה מונעת
חינוך והכשרה
הסמכת מועצת המנהלים, גנטיקה רפואית
הכשרה פוסט-דוקטורט, תוכנית הכשרה בין-מכונית בגנטיקה רפואית במכונים הלאומיים לבריאות
דוקטורט, ביומטריה וגנטיקה, המרכז הרפואי של אוניברסיטת לואיזיאנה סטייט
MS, ביומטריה וגנטיקה, המרכז הרפואי של אוניברסיטת לואיזיאנה סטייט
תואר ראשון, מכללת ריד.
תחומי מחקר
ד"ר עמוס התמקד חלק ניכר מקריירה שלו בפיתוח ויישום שיטות להבנת ההשפעות הגנטיות והסביבתיות העומדות בבסיס האטיולוגיה של סוגי סרטן נפוצים.