גנומיקה אנליטית ותרגומית

קובץ ה-ATG נגיש לכל החוקרים באוניברסיטת ניו מקסיקו (UNM) ובמוסדות הקשורים אליה. עם זאת, חיוני שתספקו ציטוט עבור קובץ P30CA118100 ותציינו גם את ATG, יחד עם משאבים משותפים אחרים של UNMCCC ששימשו להפקת הנתונים.

כדי לתת קרדיט לתרומות שלנו, אנו מבקשים שתכללו את הטקסט הבא בחלק התודה של כתבי היד שלכם:

מחקר זה קיבל מימון חלקי מ-UNM Comprehensive Cancer Support Grant NCI P30CA118100 ועשה שימוש במשאב המשותף של גנומיקה אנליטית ותרגומית.

שירותים, טכנולוגיות וציוד מרכזיים

DNA-seq ו-RNA-seq בעלי תפוקה גבוהה. ATG מציעה ריצוף גנום שלם, RNA-seq בכמות גדולה, ChIP-seq, RIP-seq, אקסום ו-RNA קטן באמצעות ריצוף Singular Genomics G4. חומר המוצא יכול לכלול תאים, רוק, דם ו-FFPE או דגימות פתולוגיה קפואות טריות. 

ריצוף גנומי של תאים בודדים פי 10. באמצעות בקר 10x Genomics Chromium, יחד עם מונה תאים אוטומטי מדגם Countess II ומכשיר Miltenyi gentleMACS Octo Dissociator ליצירת תרחיפים של תאים בודדים, צוות ATG מכין את הדגימות ובונה את ספריות NGS עבור NGS של DNA ו-RNA.

10x Visium-HD וקסניום באתר לניתוח טרנסקריפטום שלם וניתוח ביטוי גנים ממוקד. בשיתוף פעולה עם Human Tissue Repository & Tissue Analysis (HTR-TA), ה-ATG מציע ניתוח טרנסקריפטום מרחבי שלם של רקמות טריות קפואות ו-FFPE באמצעות טכנולוגיות ביטוי גנים מרחביות Visium-HD ו-Xenium in situ של 10x Genomics. ביטוי גנים מרחבי Visium HD מתווה את הטרנסקריפטום המלא של מקטעי רקמה שלמים, ומספק הקשר מורפולוגי ורזולוציה תאית גבוהה. Xenium in situ מאפשר מיפוי תת-תאי בתפוקה גבוהה של עד 5,000 גנים לצד חלבונים מרובי-תאים באותו מקטע רקמה, שהושג בשיתוף פעולה עם HTR-TA להכנת דגימות.

ניתוח נתוני NGS, scRNA-seq, ואינטראקציות עם המשאבים המשותפים של ביוסטטיסטיקה וביואינפורמטיקה ומדעי הנתונים (BDS). ה-ATG מתאם עם המשאבים המשותפים של ביוסטטיסטיקה ו-BDS כדי לבסס ניתוחי בקרת איכות ולפתח צינורות ניתוח נתונים עבור נתוני G4-Singular, כולל זיהוי וריאנט של נוקלאוטיד יחיד (SNV) מדגימות DNA, ניתוח ביטוי גנים, ניתוח וריאנטים מ-RNA, נתוני scRNA-seq, זיהוי תמלילי היתוך מ-RNA-seq וניתוח וריאנט מספר עותקים (CNV). הקבצים המעובדים מאוחסנים בחשבון הענן המאובטח שלנו ב-AWS ומשמשים לניתוחים במורד הזרם על ידי צוות ATG או ה-BDS, תוך שימוש בסקריפטים של R מותאמים אישית. מנהל הטכני של ATG, ברייר, ממלא תפקיד כפול כביואינפורמטיקאי בכיר וכמקשר עם המשאבים המשותפים של ביוסטטיסטיקה ו-BDS כדי להקל על תכנון המחקר וניתוח הנתונים.

אחסון נתונים ומחשוב. ה-ATG מתחזק חשבון AWS מאובטח, תואם HIPAA ומאושר על ידי IRB, שבו ניתן לאחסן ולנתח מערכי נתונים גדולים. כל הנתונים עוברים ביטול זיהוי, מוצפנים תוך כדי העברה ומאוחסנים. רק למשתמשים מורשים יש גישה, הדורשת אימות דו-שלבי. למען אבטחת הנתונים הגנומיים, ה-ATG פועל לפי המדיניות המפורטת בשיטות העבודה המומלצות לאבטחה של NIH עבור נתונים עם גישה מבוקרת, בכפוף למדיניות שיתוף נתונים גנומיים של NIH.

שירותים אחרים. ל-ATG יש Agilent BioAnalyzer, פלואורומטר Qubit, מכשיר Miltenyi gentleMACs Octo Dissociator עם תנורי חימום (לייצור תרחיפים של תאים בודדים מרקמה), מונה תאים אוטומטי Countess II ו-ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR, הזמינים לשימוש חברי UNMCCC. רובוט לחילוץ DNA/RNA Qiagen EZ2 זמין לחילוץ אוטומטי בנפח גבוה של חומצות גרעין.

ATG יכול לרצף את הסוגים הבאים:

• זיהוי מוטציות או וריאנטים של גנים. זה יכול לכלול הערכת רמת המוטציות הגנטיות בגידול, ניתוח וריאציות גנטיות ספציפיות בסרטן או מחלה מסוימת, או הערכת האופן שבו תאים מגיבים לנזק ב-DNA לאחר פציעה או טיפול. בדרך כלל, זה מושג על ידי שימוש ברצף פאנל גנים ממוקד לניתוח גנים הקשורים לסרטן או למחלות מסוימות.
• לימודי ביטוי גנים. תמלול פרופיל של תאים, רקמות, אורגנואידים או דגימות של חולים, כתאים בודדים או בכמויות גדולות יותר.
• מגוון מבחני ניתוח מצב כרומטין, ממחקרי מתילציה של DNA ועד מבחני ATAC ועד ChIP-seq, זמינים.
• לימוד RNA לא מקודד כגון ncRNAs, lincRNAs, miRNAs ו-tRNAs.

אנא צור קשר עם קל קוק (kelcook@salud.unm.edu) או קתרין ברייר (kbrayer@salud.unm.edu) לקביעת פגישת ייעוץ.

רצף ה-Singular Genomics G4

• סיקוונסר גמיש ומהיר קצה מזווג
• מסוגל להפיק עד 1.6 מיליארד קריאות של 2 x 150 bp תוך 24 שעות
• ניתן להגדיר עבור מגוון אורכי קריאה
• תואם כמעט לכל הספריות שניתן לרצף במכשירי Illumina.

למידע נוסף: https://www.singulargenomics.com/

10x Genomics Chromium iX

• מחיצות תאים או גרעינים לרצף תא בודד
• לוכד RNA, חלבון ו/או כרומטין
• בדיקת ביטוי גנים, רפרטואר תאי חיסון, נגישות לכרומטין, הפרעות CRISPR
• התשומות משתנות בהתאם למבחן, אך כוללות השעיות תאים חיים, גרעינים, תאים קבועים, רקמה קפואה ובלוקים FFPE. מבחנים אגנוסטיים של מינים זמינים

למידע נוסף: https://www.10xgenomics.com/instruments/chromium-x-series

מנתח קסניום 10x Genomics

• פלטפורמת הדמיה של טרנסקריפטומיקה מרחבית
• רזולוציה תת-סלולרית
• מסוגל ללכוד עד 5,000 גנים
• לוחות גנים מרובים מעוצבים מראש שניתן להתאים אישית יותר (https://www.10xgenomics.com/products/xenium-panels)

למידע נוסף: https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

10x Genomics CytAssist

• מקל על מבחני תעתיק מרחביים של Visium ו-Visium HD
• התחל מגושי FFPE או FFPE חתוכים מראש ומקטעים קפואים טריים
• תואם למקטעים מוכתמים H&E או אימונופלואורסצנטי

למידע נוסף: https://www.10xgenomics.com/instruments/visium-cytassist

• Agilent Bioanalyzer: נתח איכות/כמות של DNA ו-RNA באמצעות תשומות מינימליות. (https://www.agilent.com/en/product/automated-electrophoresis/bioanalyzer-systems/bioanalyzer-instrument)
• פלואורומטר קוביט II: כימות DNA ו-RNA.
• תרמופישר/אינוויטרוגן רוזנת II: ספירת תאים וכמת שיעור של תאים חיים בדגימה.

• Miltenyi Biotec עדין MACS Octo Dissociator עם מחממים: נתקו דגימות רקמה לפני ריצוף של תא בודד.
• Qiagen EZ2: מיצוי אוטומטי של DNA ו-RNA.
• ThermoFisher QuantStudio 6 Pro Q-PCR. מערכת PCR בזמן אמת עם בלוקים של 96 ו-384 בארות כדי לאפשר גמישות וקלות בניתוח ביטוי גנים.

מכשירים נבחרים זמינים לשימוש על ידי חברים מוסמכים ומאומנים בקהילת UNM. מכשירים משותפים זמינים בשעות העבודה הרגילות ובשעות אחרות בתיאום מיוחד. אנא צור קשר עם צוות מתקן ATG לקבלת מידע נוסף על בדיקות ותמחור.